Для обмена сообщениями применяется традиционная клиент-серверная модель, подразумевающая наличие сервера для координации обмена сообщениями. Tor Messenger позволяет соединиться с обычными IM-серверами, поддерживающими такие протоколы, как Jabber (XMPP), IRC, Google Talk, Facebook Chat, Twitter и Yahoo, при этом соединение с ними осуществляется только через сеть Tor. Также возможно использование серверов, работающих в форме скрытых сервисов Tor (Hidden Services).
В отличие от прошлых тестовых выпусков, Tor Messenger 0.3 переведён на использование наработок Tor Browser, вместо оригинальной кодовой базы Mozilla. Использование Tor Browser позволяет унифицировать разработку, применить созданные для Tor Browser патчи для усиления безопасности и синхронизировать работу над обоими проектами. Технологии обмена сообщениями по-прежнему основаны на реализации протоколов обмена сообщениями на языке javascript, развиваемой проектом Instantbird.
