В отличие от других десктоп-сборок FreeBSD, ОС MidnightBSD изначально развивалась как форк FreeBSD 6.1-beta, который в 2011 году был синхронизирован с кодовой базой FreeBSD 7, а затем вобрал в себя многие возможности FreeBSD 9-STABLE. Для управления пакетами в MidnightBSD задействована система mport, которая использует БД SQLite для хранения индексов и мета-данных. Установка, удаление и поиск пакетов осуществляется при помощи единой команды mport.
Из ключевых улучшений в MidnightBSD 0.8 отмечается переход по умолчанию с GCC 4.2 на LLVM/Clang 3.3 и существенное увеличение числа портов приложений (предлагается более 3000 пакетов, в прошлом выпуске было 2000). Инструментарий mport и библиотека libmport переведены на многопоточную архитектуру. Портированы многочисленные системные изменения из FreeBSD. Представлен новый графический интерфейс mport manager для управления портами и собственный менеджер входа mlogind. Доступны порты с окружениями Xfce 4.12 и GNOME 3.16.2.
